Национална многопрофилна транспортна болница „Цар Борис III“ – София извършва следните специфични дейности за сферата на Министерството на транспорта, информационните технологии и съобщенията:
- Профилактика, диагностика, лечение и рехабилитация на заболявания и състояния, възпрепятстващи изпълнението на професионалните задължения в сферата на безопасността на движението в железопътния, въздушния, водния и автомобилния транспорт;
- Извършване на медицинска и психологическа експертиза за професионална годност и подбор на кандидатите за работа, на работещите в сферата на железопътния, въздушния, водния и автомобилния транспорт, както и извършване на медицинска експертиза и подбор в сферата на автомобилния транспорт;
- Дейност по издаване на окончателни експертни решения за професионална годност на кандидатите за работа в сферите към Министерството на транспорта;
- Извършване на превантивен медицински контрол и организиране на мероприятия за предпазване на работещите в сферата на транспорта от вредности;
- Освидетелстване, преосвидетелстване и издаване на решения по спорните случаи на преценка по медицински показатели за годността на кандидатите за работа и на работещите в железопътния, въздушния, водния и автомобилния транспорт и на водачите на моторни превозни средства;
- Извън пряката си дейност Национална многопрофилна транспортна болница „Цар Борис III“ извършва и допълнителна диагностично-лечебна дейност на база сключен договор с НЗОК за голям брой клинични пътеки.